Это могли быть просто обычные топоры - мукар:

Ну, я бы так не сказал. Мукар, конечно, не военное оружие, но при необходимости может им стать.

Экспедиция, как кажется, была именно военной - женщины использовались для маскировки сознательно, воины были в доспехах. Без оружия в такую экспедицию не пойдешь, тем более, не станешь применять неприспособленный предмет.

Если бы имелся в виду обратный вариант - нивхи напали на айнское селение, то "топорки" в руках могли быть и такими - тогда бы хватали все, что под руку попадется, чтобы отбиться.

Тут особо голову ломать не стоит - если "топорок" - это адекватный перевод казачьими толмачами слов пленного нивхского старейшины, то это небольшой боевой топор (интересует уже внешний вид). Если перевели приблизительно - то можно иметь в виду все, что угодно.

Просто никогда не слышал, что боевой топор - это распространенное у айнов оружие. Вообще, боевые топоры у них бытовали? Насколько знаю, у японцев масакири использовались не очень часто - чаще при осадах крепостей, чем в полевом бою.

Вообще, из собственно боевого оружия у айнов можно отметить только мечи/эмус. Боевые луки - использовались также и на охоте, и, возможно, то же самое касается и топоров. Топор - удобное многофункциональное орудие. Кроме того, можно предположить, что мечей у данных пиратов просто не было или мечи были редкостью/быстро ломались. И они почему-либо предпочитали топор (изготовить топор куда проще, чем изготовить годный меч - требуется куда меньше материала и умения).

Т.е. айны жили в низовьях Амура до того, как туда пришли тунгусо-маньчжурские племена? Получается, они вытеснили и ассимилировали айнов?

Ч.М.Таксами, В.Д.Косарев Кто вы, айны? С. 17

Кстати, если правильно понимаю, шлемы у айну все-таки были (такие, а-ля дзингаса)?

В одной из японских книг XIX в., посвященных айну, нарисована такая "дзингаса" с подписью доу 兜.

Какое вооружение было наиболее характерно для айну?

По "Нихон сёки" (VIII в.) - сабля, [лук] и стрелы (причем короткий лук - типа японского ханкю по размерам).

По "скаске" Нехорошко Колобова (1646) - это куяки (в данном случае надо понимать обычный айнский панцирь - пластинчато-нашивных куяков, т.е. настоящих куяков, у них я не встречал ни разу) и "топорки".

По легендам на карте Ивана Козыревского (1726) - это куяки (см. выше), копья, луки со стрелами и сабли.

В японских сочинениях про айну (XIX в.) встречаются изображения луков и стрел, куяков, шлема (2 случая), сабель.

По позднейшим фотографиям (вторая половина XIX - начало ХХ веков), когда айну уже практически не вели войн - это копья (1 случай), куяк (1 случай), сабли (множественные изображения), лук и стрелы (3 случая).

Какие еще есть сведения о комплексе вооружения айну? Когда традиционное вооружение перестало использоваться по прямому назначению?

но я думаю, что нет.
то есть, оригинально не было.
шлемы могли появится у айнов после того как они познакомились с корейскими мигрантами.

Я давал, ЕМНИП, картинки, где панцирь и шлем?

И словом "доу" (шлем) подписана шляпа типа "дзингаса" в одной японской книге XIX в.

Получается, топоры - это неправильное понимание слов нивхского старейшины Нехорошко Колобовым?

разбираться в сведениях, полученных вторых/третьих рук - неблагодарное дело. возможно, что у айнов были какие-то топоры, которые могли быть использованы как оружие, но хотелось бы каких-то еще фактов, помимо свидетельства человека, которому рассказывали нивхи, которым тоже кто-то рассказывал.